Причин может быть много. Дёрнули раньше времени, что то пошло не так, в результате чего повредилась файловая система.
Если это так то советуют воспользоваться GParted. Отмонтировать, снять флаг boot, отформатировать, проверить ошибки файловой системы.
Только не в моём случае. Флешка жива просто на неё устанавливался образ Ubuntu в результате чего права доступа выставились 755. А так как файловая система FAT32, то такое понятие как права тут и вовсе отсутствуют и как не старайся ничего из графической оболочки сделать не получится (проверено не раз).
Решение которое может помоч, это перемонтировать флешку руками в консоли, после чего она опять начинает работать в штатном режиме.
sudo mount -o exec,fmask=0,remount /dev/sdb1
Помогает не всегда или частично остаются непритные артефакты.
Нашёл решение, которое стабильно устраняет данную проблему. При помощи утилиты Диски, надо отформатировать флешку сначала с отсутствием какой либо файловой системы. Данное действие сбросит всё к девственно чистому состоянию, в том числе скинет загрузчик. Далее отформаировать в FAT. Всё. Весь процесс занимает пол минуты действий в одном окне.
